Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, ένα μη εκλεγμένο όργανο με σημαντικές εξουσίες νομοθετικής πρωτοβουλίας, βρίσκεται στην κορυφή αυτής της δομής, επισκιάζοντας το άμεσα εκλεγμένο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο.